Nadzór służbowy: Komendant Szpitala

• Komendant Szpitala
• Zastępca Komendanta Szpitala
• Zastępca Komendanta Szpitala ds. Medycznych
• Zastępca Komendanta Szpitala ds. Pielęgniarstwa
• Zastępca Komendanta Szpitala ds. RZMW
• Kierownicy Komórek Organizacyjnych Działalności Niemedycznej i Pomocniczej
• Samodzielne Stanowiska Pracy

Nadzór służbowy: Zastępca Komendanta ds. medycznych
Kierowanie operacyjne: Kierownicy Przychodni Wojskowej Przychodni Specjalistycznej
Przychodnie specjalistyczne i Gabinety

• Poradnia Dermatologiczna
• Poradnia Alergologiczna
• Poradnia Audiologiczna
• Poradnia Chirurgii Stomatologicznej
• Poradnia Chirurgiczna
• Poradnia Chirurgii Onkologicznej
• Poradnia Chirurgii Urazowej i Ortopedii
• Poradnia Chorób Wewnętrznych
• Poradnia Diabetologiczna
• Poradnia Endokrynologiczna
• Poradnia Foniatryczna
• Poradnia Gastroenterologiczna
• Poradnia Ginekologiczno-Położnicza
• Poradnia Gruźlicy i Chorób Płuc
• Poradnia Medycyny Pracy
• Poradnia Nefrologiczna
• Poradnia Neurologiczna
• Poradnia Okulistyczna
• Poradnia Onkologiczna
• Poradnia Ortodontyczna
• Poradnia Otolaryngologiczna
• Poradnia POZ
• Poradnia Proktologiczna
• Poradnia Protetyki Stomatologicznej
• Poradnia Rehabilitacyjna
• Poradnia Reumatologiczna
• Poradnia Stomatologiczna
• Poradnia Urologiczna
• Poradnia Leczenia Bólu
• Pracownia Mammografii
• Pracownia Radiologii Zabiegowej
• Pracownia RTG
• Pracownia USG
• Tomografia Komputerowa
• Rezonans Magnetyczny
• Zakład Nieinwazyjnej Diagnostyki Kardiologicznej
• Pracownia Urodynamiczna
• Poradnia Nocnej i Świątecznej Opieki Zdrowotnej
• Poradnia Zaburzeń Snu
• Punkt Szczepień

Oddziały szpitalne i zakłady

• Izba Przyjęć
• Blok Operacyjny
• Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii
• Oddział Chirurgii Ogólnej
• Oddział Chirurgii Onkologicznej
• Oddział Chirurgii Urazowej i Ortopedii
• Oddział Chorób Wewnętrznych
• Oddział Neurologiczny
• Oddział Okulistyczny
• Oddział Otolaryngologiczny
• Oddział Udarowy
• Oddział Urologiczny
• Oddział Leczenia Chorób Kręgosłupa
• Stacja Dializ
• Zakład Fizjoterapii
• Zakład Patomorfologii
• Apteka
• Bank Krwi
• Oddział Psychiatryczny
• Zakład Endoskopii i Zaburzeń Metabolicznych

Pozostałe jednostki

• Dział Informatyczny

Nadzór służbowy: Zastępca Komendanta ds. Pielęgniarstwa

• Pielęgniarki Oddziałowe i Koordynujące Oddziałów Szpitalnych i Przychodni
• Centralna Sterylizatornia 
• Dietetyk
• Pielęgniarka Specjalista ds. Epidemiologii

Nadzór służbowy: Komendant Szpitala

• Dział Kadr i Szkolenia
• Dział Księgowo–Finansowy
• Dział Logistyki
• Dział Kontraktowania i Rozliczeń
• Dział BHP

Nadzór służbowy: Zastępca Komendanta ds. RZMW

• Wydział Administracji i Mobilizacji
• Rejonowa Baza Zaopatrzenia Medycznego

Nadzór służbowy: Komendant Szpitala

• Inspektor Ochrony Danych (IOD)
• Audytor Wewnętrzny
• Inspektor Ochrony Przeciwpożarowej
• Inspektor Ochrony Radiologicznej
• Punkt Ewidencji Materiałów Niejawnych
• Pełnomocnik ds. Ochrony Informacji Niejawnych
• Pełnomocnik ds. Systemu Zarządzania Jakością
• ISO i Systemu Zarządzania Środowiskowego
• Pełnomocnik ds. Jakości
• Specjalista ds. Administracyjno-Organizacyjnych
• Kapelan

Obiekty 7 Szpitala Marynarki Wojennej z Przychodnią SP ZOZ znajdują się przy ul. Polanki 117 w Gdańsku (dzielnica Oliwa). Szpital zlokalizowany jest na terenie kompleksu wojskowego (MON). Poniżej przedstawiono charakterystykę najważniejszych budynków kompleksu.

Charakterystyka najważniejszych budynków kompleksu szpitalnego nr 4057.

Budynek nr 16 (główny budynek szpitala), w którym zlokalizowane są następujące oddziały i komórki:

• Izba Przyjęć po remoncie w 2005 r.
• Oddział Leczenia Chorób Kręgosłupa – powstał w listopadzie 2022 r.
• Oddział Anestezjologii i Intensywnej Terapii – po modernizacji w 2015 r.
• Oddział Chirurgii Urazowej i Ortopedii – po modernizacji w latach 2019/2020 r.
• Oddział Urologii – po modernizacji 2015 r.
• Oddział Chirurgii Ogólnej i Oddział Chirurgii Onkologicznej – po modernizacji 2013 r.
• Blok operacyjny – po modernizacji 2009 r.
• Zakład Fizjoterapii – po modernizacji 2015 r.
• Centralna Sterylizatornia – po modernizacji 2015 r.
• Zakład Diagnostyki Obrazowej – po modernizacji 2010 r.

Budynek nr 17 (przychodnia specjalistyczna):

• Komenda Szpitala;
• Wydział Administracji Wojskowej i Mobilizacji;
• Administracja Szpitala;
• Poradnie specjalistyczne z gabinetami zabiegowymi (poradnie: podstawowej opieki zdrowotnej, urologiczna, chirurgiczna, stomatologiczna, ortodontyczna, neurologiczna, chirurgii urazowej i ortopedii, zdrowia psychicznego, ginekologiczno-położnicza, okulistyczna, chirurgii onkologicznej, chorób wewnętrznych, nefrologiczna, otolaryngologiczna, zaburzeń snu, dermatologiczna, rehabilitacyjna, kardiologiczna, „Diagnostyka” sp. z o.o. – Laboratorium;
• Apteka Szpitalna – po modernizacji w latach 2020/2021 r.

Budynek nr 6 (część szpitalna):

• Oddział Otolaryngologii – po modernizacji 2015 r.
• Oddział Okulistyczny – po modernizacji 2015 r.
• Stacja Dializ oddana do użytku w 2007 r.

Budynek nr 34 – zakończenie modernizacji 2019 r.:

• Oddział Chorób Wewnętrznych z pododdziałem Kardiologii;
• Oddział Neurologii i Oddział Udarowy;
• Pracownia Diagnostyki Endoskopowej.

Budynek nr 10 – po modernizacji 2015 r.:

• Oddział Psychiatryczny

Budynek nr 8 – po modernizacji 2012 r.:

• Zakład Patomorfologii